Transcurridas las grandes exposiciones en torno a Goya (2007-2009), que ocuparon todo el espacio del Museo en su sede central, en el momento presente las colecciones se distribuyen en torno a dos ejes principales: Caesar Augusta y Goya. El discurso expositivo se completa con un recorrido selecto desde la  Prehistoria hasta el siglo XX, articulado en seis grandes capítulos, además de las exposiciones singulares de Arte del Asia Oriental y la Colonia Celsa, la historia de la Cerámica y Etnología, albergadas, las tres últimas, en edificios distintos.