El constante incremento de sus fondos, así como la necesidad de actualizar y ampliar sus espacios y servicios, para adecuarlos a las necesidades de la demanda cultural de la sociedad actual,  motivaron que, en 2005, el equipo técnico del Museo, a instancias del Ministerio de Cultura y del Gobierno de Aragón, redactase un Plan Museológico.

Desde dicho Plan se han trazado las líneas de actuación, que se concretaron en dos grandes intervenciones y que fueron asumidas respectivamente por el Gobierno de Aragón (reforma y museografía del edificio de la antigua Escuela de Artes, plaza de los Sitios, 5) y el Ministerio de Cultura (reforma y museografía del edificio central del Museo, plaza de los Sitios, 6).

De los 4.000 m2 actuales se ampliaban a los 15.000 m2, dando satisfacción a todas las necesidades plasmadas en el Plan Museológico, que en el momento presente está a la espera de su desarrollo.