El Islam. El Museo conserva restos singulares arquitectónicos del Palacio de la Aljafería, del siglo XI, el monumento taifal más representativo del valle del Ebro. Se exponen, en calidad de depósito, en la propia Aljafería. En la cultura material mueble sobresalen la colección de candiles y las producciones cerámicas de Saraqustah.

Prerrománico. Esta transición hasta los tiempos románicos tiene dos magníficos exponentes en el cancel mozárabe de Zaragoza (s. X) y en las lápidas funerarias, con cruces emblemáticas del Corral de Calvo (Luesia) (1030-1050).

Románico. Las sugerencias de este periodo se centran en una escultura en madera policromada correspondiente a una María de la Visitatio Sepulchri.

Gótico. Refleja el Museo la época de esplendor de la Corona de Aragón (siglos XIV y XV). Los modelos franceses son sustuídos por influencias italianas, flamencas y germánicas a lo largo del siglo XV. Del Gótico Hispano-Flamenco, destaca el retablo de la Santa Cruz de Blesa de Jiménez y Bernat, o el retablo de la Resurrección de Jaime Serra, realizado entre 1381-1382, que supone la introducción del estilo italogótico en Aragón. De las mismas fechas es el  magnífico Ángel custodio de Zaragoza, realizado por Pere Johan, escultura en alabastro policromado realizada para la Diputación del Reino.